根據(jù)國務(wù)院領(lǐng)導(dǎo)關(guān)于重大專項審計調(diào)查整改工作的系列重要批示精神和科技部、發(fā)展改革委和財政部統(tǒng)一部署，為做好整改工作，水體污染控制與治理科技重大專項高度重視，專項領(lǐng)導(dǎo)小組組長、環(huán)境保護(hù)部周生賢部長明確要求“要認(rèn)真整改，還要舉一反三，態(tài)度要堅決，力度要大”，專項第一行政責(zé)任人、環(huán)境保護(hù)部吳曉青副部長要求“抓緊整改、限期整改，把整改方案落實，整改措施做實，對存在的問題決不姑息”，專項第一行政責(zé)任人、住房城鄉(xiāng)建設(shè)部仇保興副部長要求“對審計問題要引以為鑒，舉一反三，進(jìn)一步完善水專項管理辦法”。專項牽頭組織部門會同總體組，認(rèn)真研究，及時制定了整改工作方案，明確了整改工作的指導(dǎo)思想和目標(biāo)，確定了工作步驟和時間安排，提出了切實可操作的整改措施。
一是完善立項機(jī)制，提高立項質(zhì)量。針對立項過程中存在的問題，水污染治理專項在頂層設(shè)計上，進(jìn)一步調(diào)整“十二五”實施計劃總體思路，按照流域進(jìn)行任務(wù)的頂層設(shè)計優(yōu)化，進(jìn)一步明確各流域“十二五”目標(biāo)和各年度課題任務(wù)設(shè)置的關(guān)聯(lián)關(guān)系。在2013年度計劃安排上，從嚴(yán)控制、大力收縮，在確保專項和主題目標(biāo)實現(xiàn)的同時，按照聚焦重點流域，強(qiáng)化標(biāo)志性成果產(chǎn)出，先驗收后立項，避免交叉重復(fù)立項等原則，優(yōu)中選優(yōu)。在立項過程上，原則上，全部都通過公開擇優(yōu)的方式確定課題承擔(dān)單位，將逐步推行課題視頻評審和網(wǎng)絡(luò)評審，對課題實施方案進(jìn)行嚴(yán)密、細(xì)致的論證。在任務(wù)分解上，課題下不再設(shè)子子課題、專題等，減少研究層級，明確規(guī)定課題承擔(dān)單位和參與單位原則上不超過5家，避免課題的小、散。
二是提高項目管理水平，確保專項實施進(jìn)度。針對組織管理不夠規(guī)范，不利于保證實施進(jìn)度的問題，水污染治理專項在管理制度上，將盡快修改完善《水體污染控制與治理科技重大專項實施管理辦法（試行）》，制訂《水體污染控制與治理科技重大專項立項管理辦法》，明確工作職責(zé)、工作機(jī)制以及立項的程序和要求。在合同審查上，將建立四級合同審查機(jī)制。實行地方水專項辦公室、主題專家組、總體專家組、水專項管理辦公室四級審查程序，明確各個審查環(huán)節(jié)的審查要求和時間節(jié)點。在專家隊伍管理上，起草了《水體污染控制與治理科技重大專項專家選聘、考核、調(diào)整和換屆工作細(xì)則》（征求意見稿），計劃對專家組進(jìn)行充實調(diào)整，加強(qiáng)對專家組的考核。
三是嚴(yán)格成果和經(jīng)費(fèi)管理，發(fā)揮專項最大效益。針對成果和經(jīng)費(fèi)管理不夠嚴(yán)格，不利于發(fā)揮最大效益的問題，水污染治理專項在成果審查上，對于“多頭交賬”成果，給予不良信用記錄，取消該主持人三年內(nèi)其承擔(dān)水專項課題的資格和該單位一年內(nèi)承擔(dān)水專項任務(wù)的資格，對于專項實施成果，需提供第三方評價意見。在經(jīng)費(fèi)管理上，將盡快制訂發(fā)布《水體污染控制與治理科技重大專項經(jīng)費(fèi)管理細(xì)則》，規(guī)范、細(xì)化預(yù)算調(diào)整和經(jīng)費(fèi)監(jiān)管等內(nèi)容，完善內(nèi)部控制和監(jiān)督制約機(jī)制，加強(qiáng)預(yù)算管理培訓(xùn)，規(guī)范專項資金的管理和使用。在監(jiān)督檢查上，切實落實中期評估和年度監(jiān)督檢查工作，加強(qiáng)對承擔(dān)單位的考核，委托環(huán)保部督查中心對重點流域示范工程開展專項檢查，委托地方水專項管理辦公室開展結(jié)題課題示范工程第三方評估，確保地方配套工程和資金的落實。
為做好審計整改工作，水污染治理專項將加強(qiáng)領(lǐng)導(dǎo)，明確責(zé)任，完善制度，強(qiáng)化管理。針對審計調(diào)查中涉及的課題承擔(dān)單位和課題，一是動態(tài)調(diào)整，對于責(zé)任不落實、實施不力的課題承擔(dān)人和承擔(dān)單位堅決予以調(diào)整；二是積極協(xié)助調(diào)查，積極配合相關(guān)部門做好后續(xù)調(diào)查和處理工作；三是限期整改，約談單位相關(guān)負(fù)責(zé)人，采用通報、黃牌警告、停止課題等方式限期整改。要通過開展審計調(diào)查整改活動，進(jìn)一步建立健全相關(guān)制度，規(guī)范資金管理，增強(qiáng)項目管理能力，提高專項資金使用績效。
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